De los volcanes al laboratorio de biología molecular

Hago trampa de nuevo. Escribí una entrada en el blog de Más Ciencia por México, se titula De los volcanes al laboratorio de biología molecular y habla acerca de cómo utilizo métodoss de secuenciación de nueva generación, dígase RAD-tags, como una herramienta para responder preguntas evolutivas sobre la biodiversidad en los volcanes mexicanos.

Sí, un autocomercial de lo más tramposo. Lo admito con buen ánimo porque va sin fines de lucro y porque el pobre texto cae en algún lugar entre la divulgación de la ciencia y la reflexión personal, así que bien podría haber sido parte de este blog.

Dicho y hecho ahí queda el link para quienes tengan un rato. Las fotos son lindas, lo garantizo.  Aquí les dejo una que no incluí en la otra entrada:

Semillas de ginkgo en el cementerio

Encontré un ginkgo hembra. Así es, un ejemplar de Ginkgo biloba en plena producción de semillas. ¿Dónde? En Ginebra, donde está enterrado Jorge Luis Borges. 

Siempre que camino voy viendo las hojas, las de ginkgo sobresalen mucho: son un abanico inconfundible. 

Hojas de Ginkgo biloba en otoño (Wikipedia)

Por lo general cuando me las encuentro me detengo a buscar el árbol de que cayeron y dejar mis saludos. Los biólogos que lean esto saben de sobra porqué: Gingko biloba es una rareza botánica, la única especie viva entre todo el phylum Ginkgophyta, grupo que ya existía hace 270 millones de años. Lo curioso es que las hojas fósiles se ven iguales que las de los ginkos actuales. Miren esta del Eoceno (foto de Wikipedia):

Hoja fósil de una especie extinta de Ginkgo, de hace unos 55 millones de años (Wikipedia)

Hoy la especie se cultiva en muchas ciudades y jardines botánicos del mundo, pero durante mucho tiempo se creyó extinto.  La historia es bella, pero no me quiero entretener más. A lo que quiero ir es que yo nunca había visto una ginkgo hembra, al menos no una con semillas (por cierto, Gingko biloba es una especie dioica, es decir hay árboles hembra y árboles macho). Sé que hay una en los Viveros de Coyoacán, en la Ciudad de México, pero es raro que se logre reproducir. No me ha tocado verla.

 

¿Porqué mi obsesión por un árbol hembra? Los árboles hembra son los que producen las semillas, que en esta especie están rodeadas de una carnosidad amarilla que las hace parecer un fruto (pero no lo son, los ginkgos son gimnospermas y no producen flores ni frutos). Una carnosidad que apesta. Apesta a ácido butírico. Apesta a vómito. O eso aprendí en la carrera, eso nos contó nuestra maestra de botánica. Y hoy, hoy lo pude comprobar por mi misma.

ácido butírico

Estaba caminando por el Cimetiere des Rois cuando mi mirada pasó de las hojas en el pasto a las ramas de un ginkgo. Grité de la emoción y corrí a verla de cerca, más aún: a olerla. Y sí, es cierto. El olor no se siente en el aire, pero basta sacar las semillas para sentir la peste. Es cierto, no nos mintieron. 

Me cuesta explicar la emoción que me invadió. Dí esos brinquitos que dan los niños y los cachorros cuando están aprendiendo a caminar. Sin más, me bebí de un jalón toda mi botella de agua para guardar algunas semillas. Feliz, muy feliz. 

Luego pensé que si había una hembra con semillas tendría que haber también un macho, y sí, lo encontré a unos cuantos cientos de metros. Tenía muchas más hojas que la hembra:

Para cerrar otra sorpresa de ginko, literatura y cementerios. Buscar la imagen de los fósiles en Wikipedia me llevó a descubrir que Goethe escribió un poema sobre este árbol. Aquí la traducción de su poema al inglés: 

Gingo Biloba

This leaf from a tree in the East,

Has been given to my garden.

It reveals a certain secret,

Which pleases me and thoughtful people.

Is it a living being,

Which has separated in itself?

Or are these two, who chose

To be recognized as one?

Answering this kind of question,

Haven't I found the proper meaning,

Don't you feel in my songs,

That I'm one and double?

En la entrada de Wikipedia del poema leí también que frente a la tumba de Goethe hay un ginkgo. Otro cementerio, otro gran escritor. Hoy ha sido uno de esos días llenísimos de belleza.

Mascota de escritorio III: El domingo pasado

Este es un domingo de tráfico en Londres, el conductor del autobús hace chistes mientras se queja de la situación y se disculpa por el retraso. El aire detrás del cristal que me separa de la calle es frío, pero es un día despejado y el sol me calienta como si el invierno no estuviera ya tocando la puerta. Voy de regreso a la ciudad donde estoy haciendo mi doctorado. Los días anteriores fueron unos de esos tantos en la que a falta de poder ser omnipresente he tenido que trasladar mi cuerpo a las tres ciudades distintas donde tenía cosas que hacer. Mi laptop y mi libreta de notas viajan conmigo, pero el trabajo de laboratorio me espera con su tedio de siempre en la universidad. Por eso es que a veces lo más práctico es llegar al laboratorio un domingo temprano, cuando afuera la mañana está cubierta de bruma blanca y los árboles se asoman callados entre las partículas de agua, justo como fue el domingo pasado.

A esas horas y día de la semana tengo el laboratorio para mí, puedo conectarme a un podcast mientras preparo mis placas de muestras en un meticuloso sistema que he diseñado a prueba de mi misma y que suele ocupar mucho espacio. De eso se trataba mi domingo de la semana pasada, es decir el 7 de octubre. Nada fuera de lo común en el laboratorio, pero cuando me senté en mi escritorio del cubículo mis ojos de inmediato detectaron movimiento dentro del toper de Diéresis, el ejemplar de Orgyia antiqua que observo desarrollarse. Y entonces el mundo se detuvo, todo lo que tenía que hacer pasó al plano de lo pendiente y se me llenó el ánimo con la emoción de ver algo nuevo, como cuando una es niña y descubre por vez primera que debajo de las macetas habitan cochinillas (que no son insectos sino un tipo crustáceos).

Puedo decir con absoluta certeza que Diéresis es macho porque Orgyia antiqua es una especie con dimorfismo sexual, es decir que los individuos macho y hembra de la misma especie tienen marcadas diferencias en su fenotipo. En pocas palabras: se ven distintos. El ejemplo clásico de una especie con dimorfismo sexual es el pavoreal y de una sin es la guacamaya. Mi extremo favorito es el del pez Cryptopsaras couesii, esos de las profundidades marinas con una lamparita bioluminiscente. La hembra es un pez grande de vida libre y el macho es drásticamente más pequeño. Una vez que encuentra a la hembra fusiona su epidermis y sistema circulatorio con ella en algo parecido a un parasitismo y se vuelve así una especie de apéndice productor de esperma. Stephen Jay Gould tiene un artículo de divulgación excelente al respecto. Aquí un dibujo cortesía de Tony Ayling desde la Enciclopedia of Life, y más fotos en el link de arriba.

En el caso de la palomilla de la que escribo en este blog el macho se ve precisamente como una palomilla, así:

Si hubiera sido entre semana y hubiera logrado maniobrar con el micro tal vez hubiera logrado tomarle una foto más decente que la anterior, pero como no, les dejo esta sacada de nuevo de la Enciclopdia of Life:

Sus particulares antenas son receptores con los que detectan las feromonas que las hembras sueltan para indicar su posición. Y las hembras, he aquí el dimorfismo, no pueden volar y no parecen siquiera una palomilla pues sus alas son apenas un vestigio. Imagen cortesía de Wikipedia:

La hembra construye un capullo donde deposita los huevos una vez que es fertilizada. Si Diéresis hubiera sido hembra tal vez hubiera podido ponerla en la ventana y podría haber tomado video de los machos que atrajera, pero como no, decidí simplemente dejarlo ir. Me disculpo por la falta de video, hice toda la maniobra con el teléfono, pero no presioné bien el botón para comenzar a grabar y no me dí cuenta hasta que el insecto ya estaba volando en algún lugar cerca de los árboles donde encontré a la larva más o menos un mes antes. Culpen a la ineptitud mía y de las pantallas táctiles.

Ya no tengo una mascota de escritorio, lo cual es bueno porque haré un viaje largo pronto, pero se queda en mí el recuerdo de algo fascinante: saber que existen dimorfismos sexuales como el de Orgyia antiqua y Cryptopsaras couesii. Extrañas (ante nuestros ojos) estrategias reproductivas que son el producto de la evolución y que ocurren ahí en lo inexplorado, como el fondo misterioso del mar y las selvas y los bosques, pero también ahí en el paisaje de nuestra ventana diaria, en la forma de una oruga particularmente vistosa que un día disfruté observar durante la hora del almuerzo.



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Todos los capítulos de la historia:
Mascota de escritorio I: les presento a Diéresis. 
Mascota de escritorio II: la historia con lag
Mascota de escritorio III: El domingo pasado

Mascota de escritorio II: la historia con lag

Tarde, voy tarde, mas que tarde con lag. Consecuencia de esa maldita y descortés manía de la realidad de seguir su curso y avanzar aunque yo no haya terminado de hacer un quinto de las cosas que planeo. Diéresis, la larva de Orgyia antiqua que observo desarrollarse, tuvo a bien seguir el patrón: ya está construyendo su capullo a pesar de que no he logrado sentarme a escribir al respecto. Por eso no les voy a platicar de la pupa. Esta historia tiene lag. Justo dos días antes de encontrar los primeros indicios del capullo yo ya tenia en la mente la segundo entrada de este blog, es decir esta que escribo ahora que he terminado de quejarme.

En la mañana del lunes 17 de septiembre tomé el refractario donde vive Diéresis y salí del edificio. Tiré los restos de las hojas viejas y puse unas cuentas frescas. También deseché el papel absorbente, ese azul que se ve en las fotos. Decidí aprovechar el viaje de regreso a mi cubículo para pasar por el laboratorio y tomar un poco del papel absorbente. Y entonces encontré a mi amigo D muy enfrascado en una epica labor: identificar mosquitos. Es parte de un proyecto en el que trabaja, estudian la malaria en aves de las Islas Canarias desde el punto de vista de la variación genética de los genes relacionados con el sistema inmune. Una chulada de proyecto que ademas de genética de poblaciones y principios de selección natural incluye análisis espaciales e interacciones con condiciones ambientales y otros patógenos. Su proyecto es muy interesante, pero ahorita lo que nos atañe es decir que mi amigo D estaba identificando mosquitos (o está, saber si ya terminó, lleva toda la semana metido en eso) armado con dos poderosas herramientas.

La primera es una clave interactiva para identificar mosquitos. Si usted ha enfrentado alguna vez una clave dicotómica sabrá que son muy útiles, pero muy tormentosas, en especial si no se esta completamente familiarizado con la nomenclatura de la anatomía del bicho en cuestión. Tener fresco en la memoria todo el vocabulario es un arte de nicho. Por eso seguir las claves puede ser lentísimo; hay que estar seguros de entender el significado de cada parte y además de poderla identificar en la muestra, muchas veces sin dibujos que den una idea de qué se trata. La clave que mi amigo utilizaba en cambio involucra fotos y menus desplegables dónde una puede ir seleccionando los caracteres de su bicho y el programa va descartando opciones. En fin, si usted amiga o amigo biólogo ha pasado largas horas lidiando con claves de identificación, encontrará que la clave interactiva de la que hablo es digna de profundas envidias.

La segunda es un microscopio estereoscópico. Este tipo de microscopios funcionan como una lupa en el sentido de que la muestra se ve en 3D y que, a diferencia de en los microscopios compuestos, la luz no la tiene que atravesar. Los micros esteroescópicos sirven para ver en detalle muestras grandes, como insectos y musgos, mientras que los compuestos se ocupan para ver células y tejidos.

Total que cuando entré al labo con mi cajita vi una escena parecida a esta foto, mi amigo D trabajando en el microscopio estereoscópico:

Por lo general no ocupamos micros en este laboratorio, por eso se me iluminó el ánimo de la oportunidad. No tuve mas que enseñarle a D la larva y tras  un intercambio de sonrisas Diéresis ya estaba bajo el ocular. En otras palabras así se ve una larva de Orgyia antiqua:

Linda chingonería ¿verdad?

Lo que sí es que las fotos en sí no son una maravilla y muestran algo evidente: las tomé apuntando mi celular directo sobre el ocular. La forma correcta de hacerlo hubiera sido ir al otro laboratorio donde tienen un microscopio conectado directamente a una cámara. Tenía intensión de hacerlo en un par de días, aún lo haré, pero como les comentaba al principio Diéresis estará en otro estadío de su metamorfosis.


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Todos los capítulos de la historia:
Mascota de escritorio I: les presento a Diéresis. 
Mascota de escritorio II: la historia con lag
Mascota de escritorio III: El domingo pasado

Mascota de escritorio I: les presento a Diéresis.

Hace poco más de una semana, cuando todavía no empezaban estos cielos nublados y vientos fríos, estaba comiendo afuera, en las bancas frente al edificio de mi facultad. Creo era 6 de septiembre. Mis amigos y yo estábamos a la mitad de una conversación que ya olvidé cuando alguien descubrió un azotador. El bicho caminaba por la mesa con esa coordinación de patas y espuripedios con que las orugas tienen a bien andar.

El ejemplar medía poco más de un centímetro y nos tenía a todos fascinados con su atuendo punketo: pelos negros y rojos con una línea densa de pelos amarillos agrupados en lo que parece un cepillo de dientes. Una tira de pelos en algo que se ve como una cola y dos tiras más a mandera de antenas. De verdad un espectáculo. Miren las fotos abajo.

Por más de diez minutos el caminante de la mesa fue nuestro centro de atención, pero aunque algunos ya habían visto algo así, nadie sabía con certeza de qué se trataba. Las orugas son larvas de lepidópteros, pero esta en particular debía de ser de una palomilla y no de una mariposa diurna. Hasta ahí llegó mi triste conocimiento, así que fui al laboratorio a enseñársela a J, un compañero con una entomología digna de respeto. Un segundo después de ver al ejemplar, J me dijo que se trataba de la especie Orgyia antiqua, una palomilla nativa de Europa y sin duda una de las orugas más vistosas de Inglaterra.

Luego vino la frase que desencadenó esta entrada de blog: you should keep it as a desk-pet. Quedármela como mascota de escritorio. Verla crecer, formar un capullo, emerger como una palomilla adulta y dejarla ir. Fue cuestión de poner un poco de hojas frescas de los arbustos de los que se alimentan, esos que crecen frente a la puerta de abajo (porque tenemos una puerta arriba que da a un corredor elevado, para que no me ponga nostálgica de los segundos pisos de periférico) en un recipiente de plástico (con agujeros, claro) y un poco de papel absorbente ligerísimamente húmedo. Cambiar las hojas cada dos días... Listo, un ejemplar de larva de Orgyia antiqua perfectamente establecida. Nótense las pequeñas excretas, señal de que ha comido bien:

La foto, tomada con mi celular, es pésima. Prometo hacer uso del microscopio pronto y subir algo decente. Por lo pronto, por si quedaban dudas de que se trata de una mascota-de-escritorio, así es como se ve en el espacio que le asigné junto a mi monitor:

Ya les iré narrando cómo va su desarrollo. No habrá emociones tan fuertes como con Paquito, la larva de Dermatobia hominis con la que tanto nos divertimos en este blog, pero prometo que será interesante. Les adelanto que el estado adulto presenta un dimorfismo sexual bastante curioso.

Ah sí, el porqué del título de esta entrada. He decidido nombrar a este indivuduo Diéresis. Tengo dos razones que me parecen más que contundentes. Primera, la palabra diéresis me gusta mucho, pero su técnico significado no da mucha ocasión de usarla más allá de la frase “con diéresis en la u”, que sobra decir es un aburrimiento total. Segunda, de cierta manera, la forma en la que crecen sus parches de pelos amarillos hacen que la larva de Orgyia antiqua parezca una oruga con un par de diéresis a cuestas. Je, je.  


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Todos los capítulos de la historia:
Mascota de escritorio I: les presento a Diéresis. 
Mascota de escritorio II: la historia con lag
Mascota de escritorio III: El domingo pasado

Dos por uno: llévele, llévele

Así es, estamos de promoción. O en otras palabras soy una tramposa. Escribo esta entrada en este querido blog para comentar que escribí en otro blog: Másciencia por México.

Más ciencia por México es una iniciativa de un grupo de jóvenes, la mayoría estudiantes de posgrado de ciencias (con cierto sesgo a genómicas) y su objetivo es simple: promover el avance y la excelencia de la ciencia, la tecnología, la innovación y la educación en México. La organización está empezando, por lo pronto uno de los proyectos es formar un blog de divulgación y discusión de la ciencia.

Hace unos meses recibí un correo invitándome a participar. La verdad es que es un honor y un gusto. Mi última entrada es una especie de comentario sobre laconferencia Evolution 2012 a la que asistí en julio (a quienes conozcan a Paquito el colmoyote les va a gustar, pues la entrada incluye un video sobre otros parásitos de lo más interesantes), antes ya había escrito sobre cómo ladistribución de la biodiversidad varía en el espacio y el tiempo y cómo es que podemos utilizar el ADN y herramientas moleculares para estudiar tal fenómeno.

Pero el verdadero gusto, el  mayúsculo, fue enterarme de la existencia de Más ciencia por México. Me parece una iniciativa aplaudible (me encanta la palabra aplaudible, algo tiene, porque bella, bella no es) y el blog está lleno de contenido de calidad y de lo más interesante. Miren por ejemplo esta entrada sobre cucarachas biónicas (fascinante) o esta otra que discute la diáspora de científicos mexicanos.

Ojalá que muchos más jóvenes científicos se animen a escribir de forma regular y sobretodo que los cibernautas lo adopten. Para este tipo de cosas es que el internet es tan maravilloso. Además, el blog no se trata solo de divulgar temas básicos, sino también temas que están aún en el horno de la creación científica. En otras palabras,  muchos de los que escriben son estudiantes de doctorado hablando de sus propios proyectos o de temas que la comunidad científica discute a nivel internacional, como por ejemplo de si se deben o no censurar los resultados y métodos entorno a lainvestigación de virus, pues en malas manos potencialmente podrían ser utilizados en contra de la humanidad.

Por último la página no se trata nada más de un blog. También está, Proyecta, un concurso de fotografía y video acerca de esa pregunta que los estudiantes de doctorado enfrentamos siempre: ¿de qué se trata tu proyecto? Aquí los ganadoresde Proyecta 2011.

En fin ya no la hago más larga: así es, estamos promocionando. O en otras palabras entren, sigan en Facebook / twitter, suscríbanse por correo electrónico, divulguen y sobre todo lean las entradas de blog que Más ciencia por México tiene para ustedes.

Posdata: seguiré escribiendo en Historias desde el biogalón pero a manera de anecdotario y blog más personal, que es, de a por sí, lo que ya es este sitio querido. A Más ciencia por México le dedicaré entradas más enfocadas a la divulgación de la ciencia.  Ahí nos vemos.

Science is a human thing

Hacer ciencia es difícil. En los últimos meses varias veces me cuestioné en forma seria si vale la pena que una mujer cómo yo haga un doctorado en biología evolutiva en una universidad del primer mundo. Me lo pregunté porque allá, del otro lado del Atlántico, está la tierra volcánica donde nací, donde tenemos serios problemas sociales y ambientales qué resolver y para los cuáles el tema particular de mi doctorado no aportará respuestas directas. Las dudas se desataron porque el clima político de México se encuentra por entrar a la última fase del huracán que han sido las elecciones presidenciales. Las noticias y el activismo me hacen pensar si no estaría mejor allá, viviendo esa parte de nuestra historia. Durante algunas semanas me azoró el temor de haberme equivocado, de pensar que hubiera sido mejor dedicarle mi esfuerzo a temas sociales o económicos, siquiera a un área de la biología más aplicable a la relación de los seres humanos con el resto de la biodiversidad del planeta. Suena a tormenta personal en vaso de agua, lo es. Pero también es parte de los existencialismos por los que muchos estudiantes de doctorado pasamos, y créanme: un bache que no es trivial esquivar.

Sin embargo ya voy aprendiendo. Sé bien que hacer ciencia no me deslinda, no nos deslinda de ser ciudadanos y personas. La especialización no implica desentendimiento de las otras realidades. Los sistemas se cambian no sólo haciendo cosas distintas sino haciendo las mismas cosas de forma distinta. Los problemas de la sociedad los arreglaremos siendo sociedad y siendo individuos, no con héroes, divinidades ni magia. Necesitamos ciencia como necesitamos de las otras profesiones creativas por las que la humanidad es maravillosa. Y luego, entre ayer y hoy en particular, el entusiasmo por mi trabajo se encendió con ese placer que llena de endorfina y que nos puede mantener contentos tras agotadoras jornadas de trabajo. Tuvieron que ver dos cosas. Uno, ayer fueron los exámenes profesionales de dos amigos, ahora un y una gran bióloga (muchas felicidades a ambos). Su éxito inspira porque es compartir esta pasión que los biólogos tenemos por admirar y estudiar la naturaleza, por superar las dificultades y la frustración que el hacer ciencia pone en la vida diaria del campo, el laboratorio y el análisis. El conocimiento es una forma de belleza y hacer ciencia una forma de arte. Lo que hacemos es grandioso. Y dos, hoy mientras leía un artículo se me ocurrió cómo (tal vez) analizar unos datos y me puse tan contenta que convoqué a hacer una #VictoryDance en el cubículo. Producir datos, generar ideas, resolver problemas y entender un poquito más de cómo funciona el mundo natural llena los ánimos con una sensación que no sé describir. Me imagino que lo mismo sentimos al aprender a caminar, que por eso dar brincos de gusto no es una metáfora sino una descripción literal.

Ahora el porqué del título de esta entrada: science is a human thing (la ciencia es cosa de humanos) en respuesta al video de science is a girl thing (la ciencia es cosa de chicas), financiado por la Comisión Europea y parte de una campaña que pretende promocionar la participación de mujeres en la ciencia:

Estaba yo en esta especie de éxtasis científico, feliz con mi reconciliación con la filogeografía, cuando unos compañeros me llamaron a ver esta triste pifia. Sobra intentar medir con palabras el tamaño de la indignación que me produjo verlo. Pocas cosas más peligrosas que los idiotas con buenas intensiones.

Quise mostrarles este video precedido de mi reflexión sobre el “qué hago haciendo ciencia” porque creo me ayudará a subrayar aún más el absurdo de su mercadotecnia. Mil veces he discutido con amigos y amigas esto de dedicarse a la ciencia. Recientemente el tema de las pláticas ha estado en torno al dilema de sentir que nuestra especialidad no contribuirá a arreglar los enormes problemas sociales y ambientales de nuestro mundo. Pero nunca entorno a si la profesión tiene suficiente glamour y maquillaje como para pensar dedicarse o no a esto.  El mundo está lleno de mujeres que queremos hacer ciencia no porque el Bromuro de etidio combine con un lápiz labial carmesí (que sí) , sino porque se enlaza con los ácidos nucleicos y brilla al ser expuesto a luz ultravioleta, propiedades gracias a las cuales lo podemos utilizar para detectar el ADN mediante una electroforesis, elemental técnica con la que empiezan muchos métodos que nos permiten responder preguntas que van de cómo ocurre la evolución a cómo curar el cáncer. En otras palabras el mundo está lleno de mujeres que queremos hacer ciencia porque nos gusta cuestionarnos el universo y obtener respuestas.

El video me parece sexista y estúpido y me alarma mucho que quienes tratan de hacernos un favor entiendan tan mal de qué se trata el problema. Si lo hubiera visto en otras circunstancias tal vez estaría cambiando mi dirección postal a la casita que tengo en la calle del desconsuelo esquina con avenida frustración. Pero el video me agarró en el buen humor que les comenté antes y  además los comentarios con los que fue recibido por hombres y mujeres en Youtube, Facebook (https://www.facebook.com/sciencegirlthing) y en tuiter (#scienciegirlthing) muestran que el mundo también está lleno de gente pensante que entiende muy bien los motivos reales, el sistema, las inercias históricas y el contexto social por los cuales hay aún un sesgo masculino en la ciencia.

Ánimos y a seguir trabajando que todavía hay mucho horizonte por caminar.

Breve nota

¿De verdad no he escrito nada desde noviembre del 2011? Eso dice la historia de este blog, que no creo tenga el don ni el defecto de la mentira. Lo curioso es que me sorprenda -el no haber escrito-, porque en realidad sí he dejado correr las palabras en otros sitios. Y he pintado, bueno, dibujado más. Tal vez lo que me extraña es cómo se va el tiempo, cómo se siente distinto, cómo he aprendido tanto y avanzado tan poco. Querida ciencia que busca explicaciones simples pero que para llegar a ellas a veces sigue las rutas más intrincadas. Parsimonia en los dos sentidos de la palabra.