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martes, 31 de diciembre de 2013

Caracoles caníbales y escarabajos con aguijón de alacrán

Mientras trabajo los endemismos, mi parte favorita de la biodiversidad, son números en mi pantalla y la evolución son secuencias de ADN con cuyo análisis bioinformático sostengo batallas de fuerza de voluntad. Pero a veces hay que recordarse que la biodiversidad es ese casi fractal de seres vivos distribuidos en el espacio y el tiempo, que interactúan y que transforman procesos químicos relativamente sencillos en una explosión de formas y comportamientos. A veces hay que apartarse de los números y dejarse asombrar por la evolución y su borrachera creativa.

En las últimas semanas me sorprendí con dos especies de las que nunca había oído hablar. La primera es un caracol de concha casi inexistente que habita en los bosques húmedos de Anaga, en las Islas Canarias y la segunda un escarabajo, también de los bosques húmedos, pero de América del Sur.

Plutonia lamarckii (que creo es sinónimo de Insulivitrina reticulata, ah, la taxonomía…) es el caracol. Son fáciles de ver a lo largo de los senderos ecoturísticos de Anaga. Parecen más bien babosas de tan delgada que es su concha, una capa dorada contra la piel gris oscuro o marrón del gasterópodo. Esto fue lo primero que llamó mi atención cuando me detuve a verlos arrastrarse por los tapetes de musgo. Luego me distraje pensando cómo tomaría uno muestras de musgo si quisiera hacer un análisis filogeográfico. ¿Dónde empieza y dónde acaba un individuo en aquel manto continuo que parece cubrir toda la montaña? Alice y Josh, los amigos con quienes recorría el sendero de Cruz de Taganana a Taganana, tampoco caminaban, pero apuntaban sus ojos no al musgo sino a las copas de los árboles en busca de la paloma endémica Columba junoniae. Anaga es uno de esos sitios de alto endemismo dentro de un sitio de alto endemismo. El más diverso de Europa, si permitimos el engaño político de llamar al sitio Europa aunque sea África.

Comenté la concha de los caracoles (ahora sé que es la característica de la familia Vitrinidae, los caracoles de vidrio). Luego notamos que había muchos en el sendero, dejando su rastro plateado sobre las rocas húmedas. Cuidado de no pisarlos. Mira cuántos cadáveres ya hay. Y mira cómo los vivos se agrupan al rededor de los cadáveres ¿sí? Sí. ¿Se los están comiendo? No, espera. Sí, definitivamente sí. Caracoles concha de vidrio caníbales carroñeros:



¿Serán solo carroñeros o cazan y matan a los de su propia especie? Cuando menos los vimos atacarse entre sí en luchas que no dudo pueden llegar a muerte. Aquí un video, cortesía de Alice Risley:


 


Caracoles caníbales. Noticia viaja para los malacólogos. Una búsqueda veloz por internet me enseñó que Triplofusus giganteus, el caracol marino gigante de Florida, también es un depredador que puede atacar a su propia especie (Dietl 2003);  y que seguir el rastro de mucosa de otros caracoles y babosas es la estrategia de caza del caracol terrestre Euglandina rosea (imagino por eso llamado caracol lobo), especie que no ataca a sus conespecíficos (Shaheen et al 2005). Y así comencé a engendrar hipótesis evolutivas e imaginé experimentos que nunca haré pero a los que dediqué una la placentera fantasía de una tarde.

Ahora paso a la segunda especie de la que quería hablar. El curioso caso de Onychocerus albitarsis: el escarabajo con aguijones, como de alacrán, en la punta de las antenas. A Onychocerus albitarsis no lo he visto en vivo. Llegué por que James Kitson mandó el artículo "Convergent evolution in the antennae of a cerambycid beetle, Onychocerus albitarsis, and the sting of a scorpion" (Berkov et al. 2008) a un grupo de colegas y a mí. Imagino que detrás del artículo hubo un grupo de biólogos que estaban haciendo otra cosa en el bosque húmedo de Perú cuando no resistieron evaluar más de cerca (dígase con microscopía electrónica) a esta especie. Y con razón:


Arriba, el escarabajo Onychocerus albitarsis, la flecha señala el aguijón. Abajo, un dedo inflamado tras la picadura. Imagen del artículo "Convergent evolution in the antennae of a cerambycid beetle, Onychocerus albitarsis, and the sting of a scorpion", derechos reservados para Springer-Verlag.



A la izquierda, el aguijón de un escorpión. En medio, el aguijón de Onychocerus albitarsis. A la derecha otra especie de escarabajo cercana, sin aguijón. Imagen del artículo "Convergent evolution in the antennae of a cerambycid beetle, Onychocerus albitarsis, and the sting of a scorpion", derechos reservados para Springer-Verlag.

Ni de lejos muy venenoso, pero suficiente para hinchar un dedo e imagino desalentar a un depredador. La sorpresa no es la toxina, muchos escarabajos sueltan un líquido defensivo en forma de spray (cosa que por cierto un Carabus faustus o C. abbreviatus tuvo a bien recordarme en el mismo sendero de los caracoles), sino que esta especie lo administre con un aguijón, como los alacranes. Mi nuevo ejemplo favorito de convergencia evolutiva.

Sí, es una curiosidad del mundo natural, como la de los caracoles caníbales de Anaga. Pero historias así, de esta realidad siempre más fantástica que la ficción, son las que encienden el ánimo de quienes nos dedicamos al estudio y conservación de la biodiversidad.



Referencias

Berkov A, Rodríguez N, Centeno P (2008) Convergent evolution in the antennae of a cerambycid beetle, Onychocerus albitarsis, and the sting of a scorpion. Naturwissenschaften, 95, 257–261.

Dietl GP (2003) First report of cannibalism in Triplofusus giganteus (Gastropoda: Fasciolariidae). Bulletin of marine science, 73, 757–761.

Shaheen N, Patel K, Patel P, Moore M, Harrington MA (2005) A predatory snail distinguishes between conspecific and heterospecific snails and trails based on chemical cues in slime. Animal Behaviour, 70, 1067–1077.


lunes, 4 de noviembre de 2013

Ciencia y ballet

Cada vez que hago algo satisfactoriamente me digo a mi mismo:
“Ya está, lo tengo, ya lo he entendido”. Pero no, no he aprendido nada.
La conclusión de una pintura es otra pintura.
Matisse, 1945


Poco después de que yo empezara mi doctorado en la University of East Anglia, en Inglaterra mi asesor se mudó al Island Ecology and Evolution Research Group del CSIC en Tenerife, España. Después de tres años de comunicarnos por medios electrónicos y con mi trabajo de laboratorio terminado, decidimos que yo viniera aquí, a su nuevo instituto, para terminar de escribir mi tesis.

Los primeros días se me fueron en burocracia, en terminar de escribir un artículo antes de cobrara vida propia y en explorar los alrededores de mi nueva casa, en San Cristobal La Laguna. Pero hoy sábado tomo el tranvía a la ciudad vecina más cercana, Santa Cruz, un puerto con buques de carga y sin playa.

Los edificios habitacionales son altos y coloridos. La ciudad se siente grande pero se extiende poco a las barrancas y los lomeríos de vegetación desértica. Novecientos metros de altitud más arriba la vegetación es distinta. Hay un bosque donde los árboles se cubren de musgo y la neblina no deja ver el mar. Anaga. Visitiaré ese sitio mañana.

Por lo pronto hoy me bajo una estación antes de la última parada y camino sin mapa. Encuentro el Auditorio como quién descubre un cráneo de ballena inmenso y blanco junto al mar. Leo al borde del Atlántico un rato. Luego me adentro a la ciudad por una zona de edificios comerciales sin mayor personalidad que la de ofrecerme una banqueta. Por azar lleguo a un museo de arte: TEA. Un edificio en dos niveles sin tener dos pisos y con esa arquitectura que consigue no poner escaleras sino pliegues como de mantaraya. Ventanales abiertos a una biblioteca llena y un mostrador impecable al fondo. Dos salas de entrada libre, una con la temática insular y otra con textiles. En dos horas exhibirán en la sala de proyecciones Alice’s Adventures in Wonderland del Ballet Real de Inglaterra. Me quedo.

Escribo sobre esto en un blog más bien dedicado a la ciencia porque con frecuencia a los científicos se nos deslinda del arte, o nosotros mismos nos deslindamos de tal. Más de una vez se me ha acusado de mediocre por dedicarle horas de mi cerebro lúcido a leer una novela, a escribir poesía o a pintar. También una artista me dijo como cumplido una vez: you are creative, for a scientist (eres creativa, para ser una científica). Reí y sigo haciéndolo porque a veces sólo la risa puede sacudir el absurdo.

Para mi el arte y la ciencia ni están peleados ni son opuestos. Son dos productos del pensamiento humano con diferencias e intersecciones. Definir los hasta dóndes y los métodos es un acto subjetivo sobre lo que cada quién tiene opiniones aferradas. No entremos en esa discusión. Mejor miren, una bailarina:


Es injusto decir que toda la comunidad científica se pelea con el arte. Por ejemplo, el CERN, la asociación científica que mantiene una  de las mayores hazañas científicas de la historia (el Gran Acelerador de Hadrones), mantiene un programa para colisionar también las ciencias y las cartes: Collide@CERN.

Y así hay otras historias que no son el motivo por el que me pongo a escribir. Lo que  busco decir aquí es que ver ese el ballet, incluso si fue en video, me hizo sentir esa sensación en la médula ósea que luego se extiende hasta detrás de la nuca y que nos torna los ojos vidriosos. Lo que más me gustó fue ver el cuerpo humano. Las piernas sobretodo. Cuánto puede uno expresar con piernas en movimiento. Se puede contar una historia sin palabras.

Y la abstracción es tal que a ratos se olvida una que lo que ve son personas. A la danza la hacen personas. ¿Y a cuánto esfuerzo, a cuántos ensayos, a cuánto tedio, a cuánto abrazar el borde de la locura se someterán las y los bailarines? Quienes nos dedicamos a la ciencia haríamos bien en recordar que no somos los únicos en vivir de la creatividad y ni en perseguir la perfección como Alicia al conejo blanco.


Posdata: dedico esta entrada a Valeria Alavez, quién además de bióloga brillante es bailarina del Taller Coreográfico de la UNAM.

miércoles, 16 de octubre de 2013

Correr


Pongo a correr el modelo. Tardará un par de minutos. Aún estoy probando el script, de forma dinámica, no vale la pena hacerlo en el cluster. No quiero caminar a la cocina ni ir al baño, mi cubículo está al final del pasillo. No quiero salir, no quiero levantarme del escritorio. No quiero ir a internet,  no quiero sentir su eternidad. El script está corriendo bien. Al fin. Y sigue corriendo. Tardará un par de minutos más. No será tiempo suficiente para ponerse a leer algo. La ventana me muestra un cielo estático aún con luz. Mis compañeros de oficina están en un curso. El único ruido es el ventilador de mi computadora. El script tardará un par de minutos más. Y yo no quiero dejar de pensar en lo que estoy haciendo, no quiero salir del cubículo ni entrar a internet.

Tomo un marcador, de los que utilizo para escribir en los tubos eppendorf en el laboratorio, y comienzo una línea en un bloc de dibujo, de los que a veces dejo en mi escritorio. El bloc estaba debajo de una copia de Principios de Genética de Poblaciones de Hartl, abrí el libro hace poco para refrescar mis notas sobre selección natural. Veo la consola. El script está por terminar de correr. Mi dibujo también está listo. Lo titulo Balancing selection.


Y vuelvo al teclado.

jueves, 19 de septiembre de 2013

Cementerios

No ha visitado una ciudad quién no se para en su cementerio. El cementerio de Assistens en Copenhague, Dinamarca, bulle de gente que corre, se sienta a leer o que lo cruza en bicicleta de camino al trabajo. Una vez que lo visité, al pié de la tumba de Niels Bohr un actor personificaba al físico. Leía la carta abierta que Bohr escribió a las Naciones Unidas con respecto a la investigación en energía nuclear y sus implicaciones militares. El cementerio de Plain Palais en Ginebra, Suiza, es pequeño pero con espacios verdes abiertos entre árboles de copas maduras. Dos de ellos son una pareja de Ginkgo biloba, la hembra cerca de la entrada y un macho no muy lejos de la tumba de Jorge Luis Borges. El panteón de San Gabriel Chilac, en el estado mexicano de Puebla es austero y con muchas cruces de madera. En día de muertos parece la superficie del Sol de tanto cempaxochitl que lo cubre. Es un hormiguero formado por todo el pueblo que se vuelca a estar con sus muertos.

El panteón de Dolores en la Ciudad de México tiene avenidas con nombres de poetas. Mis abuelos maternos están en la esquina de Alfonso Reyes y Rosario Castellanos. Mi abuelo decía que en un restaurante había siempre que sentarse junto al que pagaba el trío, y cuando lo enterramos los del entierro vecino traían mariachi. Mis abuelos paternos no están en un cementerio. A mi abuelo lo exhumamos cuando murió mi abuela y luego los cremamos juntos. Sus cenizas están en el jardín de casa de mis padres, bajo una placa que dice "no mueren quienes nos enseñaron a imaginar la eternidad".

A mi tía abuela Esther también la cremaron. Hace 4 días. Traigo su muerte fresca sobre el ánimo. Será por eso que vine a pasar la tarde al cementerio de Earlham en Norwich, Inglaterra. Necesitaba hablar con el silencio de los muertos.

Me gustan los cementerios. Trato de visitarlos siempre que voy a una ciudad nueva. Por eso es ridículo que en los tres años que llevo viviendo aquí nunca había entrado en el corazón de éste. En otros de Norwich sí, más pequeños y abrazados a iglesitas centenarias. Y en la periferia más moderla de éste también, pero nunca en su centro ni sus avenidas principales. No sé porqué. Por tonta.

Y hoy lo recorrí entero. A biciqueta, a pié y en bicicleta de nuevo, mientras la tarde se empezaba a pintar de tonos claros y las sombras a dormirse por falta de luz. Empecé a escribir esto en una banca colocada en memoria de una mujer con la versión inglesa de mi nombre. No pensaba irme, aún quedaba al menos una hora de luz. Pero el velador llegó a anunciar que estaba a punto de cerrar la última puerta. Los cementerios tienen puertas y cierran de noche (y en algunos días festivos). A estas altura ya debería recordarlo.

Mi tía tenía, en sus propias palabras, más caídas y resurrecciones que Jesucristo. También cáncer de hígado, cáncel de piel y un humor envidia del mejor equipo de güionistas. "Sigo viva por los libros que quiero terminar de leer, no por Dios ni por ustedes, aunque a ustedes los quiero mucho". Murió sin agonía, lúcida y pocos días después de brindar con tequila en su cumpleaños 92.

Su muerte y yo quedamos en buenos términos. Pero mi cuerpo apenas va terminando de sacar la tristeza. Deambular por este cementerio me sirvió no por sus muertos anónimos, sino por sus vivos. Creo que de todos los cementerios que he visitado este es por mucho el biológicamente más diverso. No he visto otro lugar en Norwich con tantas especies de árboles distintas. Muchas de ornato e introducidas, sí. Pero no hay parque o jardín botánico cerca con tanta diversidad. Había especies de Taxus baccata, Cedrus libani, Thuja sp., Quercus spp. Juglans sp., Picea abies, Populus canescens y el Pinus sylvestris con el de tronco más grueso que he visto en East Anglia. Y la lista va igual para arbustos que no sé identificar y para varias herbáceas que son silvestres y nativas. Además estaba yo en la hora que los pájaros comienzan su regreso y los murciélagos su partida. No había rincón del cielo sin movimiento.

El cementerio está rodeado por la ciudad como la mayoría de los cementerios a los que la urbanización se tragó sin atreverse a destruir. Imagino debe ser el caso en muchas partes del mundo. He visto fotos de cuando el Panteón Municipal de Puebla, México, estaba en las afueras de la ciudad y la 11 Sur ni existía como avenida propiamente dicha. Creo que panteones así son una especie de isla que se mantiene en el tiempo. No por esto creo que funcionen como una entidad biológica cerrada. Las puertas me hubieran detenido a mí (o cuando menos a mi bicicleta, yo me hubiera saltado), pero no creo que lo hagan con los animales y el polen y semillas de las plantas. Un amigo ecólogo opina que las ciudades también son ecosistemas y tiene razón. La población de aves, insectos, mamíferos, plantas y toda la demás biota que este cementerio mantiene debe ser parte importante de la dinámica de la fauna y flora urbanas de Norwich.

Y es así como el lugar donde vamos a poner nuestros muertos puede ser el que más vida albergue.

Es el tipo de cosa que le hubiera contado a mi tía. Me quedaré sin saber cuál hubiera sido su comentario en respuesta, pero tengo el recuerdo de la dicha que fue compartir una conversación con su mente audaz.

jueves, 29 de agosto de 2013

Nada pasa

Ya no sé si las cosas pasan, si están pasando o si dejaron de pasar. Sólo el tiempo que se escurre y las células del cuerpo que cumplen su ciclo y se mueren sin que yo note su última mitosis. Sé que en esta latitud el verano es cálido y pronto el invierno será oscuro. Ya no sé si las cosas pasan, si están pasando o si dejaron de pasar. Pero ahí van y yo delante de ellas, persiguiendo no sé qué camino y no sé que preguntas como quién se dejó tragar por la belleza del bosque y habla con los cuervos. Ya responderán.

lunes, 6 de mayo de 2013

Video-bitácora de laboratorio: cómo grabarte pipeteando


(English below)

El cerebro de algunos funciona como una de esas High Fidelity Phusion DNA Polymerase que casi no comete errores (o que los corrige...) y pueden por eso alcanzar niveles zen de concentración cuando hacen trabajo de laboratorio. Mi cerebro no es así. Para mí pipetear gotitas casi invisibles de líquido en tubitos diminutos sin perder la cuenta de 96 espacios es una tarea de espanto. Con el paso de los años me he entrenado a hacerlo bien, tengo sistemas, como todos los que nos enfrascamos en este tipo de labor, que me permiten disminuir la posibilidad de cometer un error o detectarlo una vez hecho. Hip, hip, hurra y felicidades, ahora el número ocho en mi mente es lo mismo que "tres para terminar la columna". 

Mi organización funciona bien para la gran mayoría de las cosas, y cierto es que usar una pipeta multicanal o una electrónica facilita la existencia mucho. Pero de tanto en tanto es necesario hacer algo como transferir 6 ul de líquido de un tubo eppendorf the 1.5 ml a una posición específica dentro de una placa con la mezcla de la reacción ya preparada dentro. No tengo acceso a un robot para cumplir tal hazaña y no queda más que hacerlo a mano y encomendarse a la concentración. Un error aquí puede no ser fatídico para todo el experimento, pero sí hacer que un par de datos no tengan sentido al final y que nos asalte la duda de si los resultados que estamos viendo es un fenómeno biológico (una diferencia real) o producto de un error de pipeteo (mezclar dos muestras por error, por ejemplo).

La memoria es subjetiva e inútil en este tipo de situaciones, así que decidí hacer algo que más de una vez pensé que hubiera sido una buena idea: video grabar mi trabajo de laboratorio. Al menos ciertas reacciones importantes de cuyo pipeteo quiero poder estar tan segura como para poner las manos en el fuego y decir que tengo evidencia de que no fue un error de pipeteo.

Mi teléfono celular, como el de tantos, tiene una camarita que permite grabar buenos videos. Lo que no tiene es una tarjeta SD gigante para almacenar videos tan largos como mis horas de pipeteo en el laboratorio. Así que lo que hago es utilizarlo como webcam IP, de forma que lo que se ve con la cámara del teléfono se puede grabar directamente en mi computadora, y sin que esté conectado con un cable, solo utilizando el wireless. La idea está basada con cómo las cámaras de videovigilancia funcionan, hay muchos programas y formas de hacerlo, pero creo que el método que comparto aquí es sencillo, compatible Mac-Android y gratuito. Ahí me dicen si hay una mejor manera.

A continuación cómo hacerlo:

0) Encuentra uno de esos extraños objetos que todo laboratorio tiene y que normalmente no sierven para nada y ponlo en tu mesa de trabajo de modo que puedas sostener un objeto sobre el área que deseas grabar.



1) Baja la IP Webcam app en tu teléfono android (gratis). Inicia la app y checa las opciones (calidad de video, tamaño, etc). Ah, se puede también jugar con las opciones de seguridad, en caso de que te ponga paranóico que alguien espíe tu experimento secreto que te hará ganar el Nobel.

2) Selecciona "Start server". En la pantalla podrás ver lo que la cámara esté observando, así como una dirección IP escrita con letras blancas. Toma nota de esta dirección.

3) Pega-amarra tu teléfono (nótese la cinta adhesiva verde en la imagen de arriba) al ahora útil objeto sostenedor.

4) Si escribes la dirección IP  en tu navegador (funciona bien con Mozilla) puedes ver el servidor de tu celular-cámaraIP. Desde aquí puedes seleccionar diferentes programas (por ejemplo skype, y sí, esta es una manera de volver tu teléfono webcam, si tu compu no tiene). Pero lo que en realidad queremos es abrir esa dirección IP con un reproductor multimedia. Yo ocupo VLC porque es todopoderoso.

5) Abre VLC, ve a "File>Open network", luego escribe la dirección IP y agrega "/video" al final (sin las ""). VLC comenzará a mostrar lo que el celular-camara está viendo. Puedes guardar el "stream" si seleccionas "Streaming/saving" en la ventana de Open Network), pero esto no es un video.

6) Para grabar y salvar como un archivo de video, ve a "File>Streaming/Exporting Wizard" y selecciona "Transcode/Save to file".

7) En la lista de reproducción que aparece escoje el video stream (es decir la dirección IP).

8) Selecciona las opciones de transcoficiación. En el ejemplo del video ocupé MPEG-4 a 2048 bitrate, sin audio. Clic en next.

9) Selecciona el formato de encapsulación (yo ocupo OGG porque es gratuito, amigable con el mundo y libre de restricciones de copyright, pero los otros también funcionan). Clic en next.

10) Selecciona dónde y bajo que nombre guardar tu video. Selecciona "local playback" si quieres verlo al mismo tiempo que ocurre (pero esto hace trabajar a tu compu, así que no corras esos análisis traga-RAM al mismo tiempo). Clic en next.


11) Debes estar viendo un resumen de las opciones seleccionadas. Clic en "Finish" y listo. VLC comenzará a grabar lo que sea que tu celular (ahora webcam-IP!) esté viendo. Para dejar de grabar da clic en pause (en el reproductor VLC) y detén el servidor en tu teléfono ("stop server"). El video estará guardado donde sea que hayas decidido, lo puedes abrir con VLC, copiar a un USB, quemar a un CD para adjuntarlo a tu bitácora de laboratorio o subir a youtube para enseñarle a tu mamá y al mundo cuán exitante puede ser pipetear gotitas de líquido de un tubito a otro.


Listo.  Ojalá les sea útil este método, claro que siempre pueden simplemente tener mucho espacio en una cámara.

Más allá de la paz mental, creo que sería útil agregar videos a nuestras bitácoras de laboratorio como parte de la documentación de un experimento. Así permitimos se respaldan mejor nuestros datos y podemos mostrar que fue exactamente lo que hicimos a otros. Algunas revistas, como The Journal of Visualized Experiments (JoVE), incluso se especializan en esto.



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Video lab book. How to record yourself at pipetting. 

I'm too lazy to translate the whole introduction, but basically I decided to video record the labwork of some of my reactions, particularly those that have to be done tube by tube in that annoying way so prone to error. This way I can have a objective record to check if a weird result may be product of a pipeting mistake (e.g. pipeting two different samples in the same tube...) or not. It was also a fun thing to do with a weird black thing I found  in the lab.

You can just use your phone video recording but if you have a small SD card, as I do, you will struggle to save a long video, or you may just be lazy and want to skip having to copy the file to your computer. So here there is a small method to use your smart phone (Android) as a web camara to record directly to your computer. Actually it makes your phone an IP webcam, so it doesn't has to be plugged in to your computer, just connected to the wireless. This is based on how webcams surveillance work and there are many different methods and programs, but after googling a little I think this is the easiest, free and Android-Mac compatible. But let me know if I missed something easier. This works fine using an Android phone (HTC desire) and a MacBook Pro, but I suposse it should work more or less the same with other devices and OS.

Here is what you need to do:

0) Get one of those random pieces of chunck that everylab has and place it in your lab bench in a way that you can use it to hold objects above your workspace.




1) Get the IP Webcam app for your Android phone (free). Open it, check settings (like quality and desired video size). You can also play with the security settings if you want to be sure that no one is watching your Nobel winning secret experiment.

2) Select "Start server". You will see what the camara of the mobile is looking at as well as an IP in the screen. Make a note of the IP address.

3) Tape (green tape rules! see image above) your phone to the now useful piece of chunk.

4) If you go to this IP address in your browser (works fine with Mozilla) you wil see the android webcam server. There you can select use different apps to visualize the video (e.g. skype, so by the way, if you don't have a webcam but you do have a smartphone you can use this method to make a video call). But what we want to do is actually to open that IP address with a media player to see the video. I used VLC because its, well, VLC.

5) Start VLC, go to "File>Open network", then type the IP address that your phone told you and write "/video" at the end. VLC will start streaming what the webcamera is watching. You could directly save this stream (if selected Streaming/saving in the Open Network window), but this is not a video itself.

6) To record and save as a video file, go to "File>Streaming/Exporting Wizard" and select "Transcode/Save to file".

7) Choose the stream of the playlist (i.e. the IP address) and click on next.

8) Select the transcoding options. I used MPEG-4 video at 2048 bitrate without audio in the example below. Click on next.

9) Select an encapsulation format (I used OGG because this format is free, friendly and not subject to restrictions associated with copyright, but others work fine). Click next.

10) Select a directory and file name to save your video, also select "Local playback" if you want to see the video as it streams (but keep in mind this will make your computer work more, so don't let it running that RAM-eater analysis of yours at the same time). Click on next.

11) You should be watching a summary of the options you selected. Click on "Finish" and that's it. VLC will start recording whatever your mobile (now an IP webcamara) is looking at. Click on pause (on the VLC media player) to stop the recording and stop the server in your phone. Your video file will be wherever you decided to save it. You can open it with VLC, copy it to an USB or CD and attach it to your lab-book or load it to youtube to show your mom how exiting pipetting can be. 



That's it. Hope you find this method useful. Or you can just have a camara with enough free space.

Recording my work gives me some kind of mental peace, but more than just that, I think that adding this kind of records to our lab books could be another source of support to our data and also a good way to show others exactly what we did. Some journals, like the  The Journal of Visualized Experiments (JoVE), are even specialized exactly in that.

lunes, 15 de abril de 2013

jueves, 7 de marzo de 2013

Godfrey Hewitt


(versión en español abajo, el original lo escribí en ingles, le toca ir primero)

Godfrey Hewitt, a dear friend and a brilliant mind devoted to evolutionary biology, passed away on the 18th February 2013.

The day after Godfrey died I did not go to the lab. I went hiking somewhere in The Alps. I reach a summit after good hours of snow shoeing over two meters of snow, and from there I wondered on the Pleistocene Ice Ages and the movement of biodiversity in space and time.

Then, almost without noticing, I started to recall my memories of him. They start in a printed name on the papers that impacted my career to the extent that I am doing phylogeography, and they finish with the laugh we shared after one of his bitter jokes the last time we spoke.

That was the best part, chatting with him. I had the enormous pleasure of meeting him, of extending a journal club discussion into a conversation about science and life for the sake and joy of it. Those moments will always be one treasure of my years in England because it is thanks to them that he became part of my academic family, but also because he was an English-as-it-gets character.  Most of the things he said faded from my brain before we got back to the office after a walk around UEA’s lake, but maybe Zeke the dog remembers them all. I wrote down some of his expressions on the margins of printed papers that I not even tried to preserve, but I also wrote them down in my notebook. Going through them on the train back from his funeral made me visualize him once again as if we were chatting. Below but a sample of his words, and a little bit of context.

Advice on science writing:

You can always speculate with your friends and then be cautions when you publish.

Be dead accurate whenever you can.

Be careful with using the words “alternative explanation”. Many papers say that there is a conflict where there is not. They are just tying to sell it.

Always separate what  we know [from the data] from what it may tell us.

General life advice:

We are a sea-wave about to smash into the beach.

Mother nature is a bitch.

During a chat on how politics and personal interests can get into science publishing:

They are just people. And some people are dictators and some are nurses. We have the whole range in science too.

Bollocks. That’s a nasty English word, but I’m using it.

Only history will know, and it will lie.

Once we were discussing a paper with a cool new method:

If I were a young person I will be doing thisand better.

And to finish, a great one after he review a draft I gave him:

Don’t worry, were are going to take this and transform it into English.

Back in the mountains, weeks before today, a small avalanche in the rocks distracted me from my memories. I was contemplating the alpine landscape with cold air in my face and a bright sun in my back. I was surrounded by dunes of snow that seem eternal but that I knew would be gone in some months.


Maybe Godfrey did fieldwork there. I asked the mountains but they replied nothing. I told them that he was gone, but they remained silent. So I stood quiet, as when we finish a book. Then I thought that it was a fair end to a great story, the kind of book that leaves you something, that makes you go for a walk after you turn the last page, that pops into your head when you are contemplating a montane landscape that seems to be the entire world. Because that is how his legacy feels, immense and arresting to our human eyes, even if it is but a glimpse in the deep time of Earth and history.

Farewell Godfrey, it was great to meet you.


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Godfrey Hewitt, un querido amigo y una mente brillante que se dedicó a la biología evolutiva, falleció el 18 de Febrero del 2013.

El día después de la muerte de Godfrey no fui al laboratorio. Fui a caminar a algún lugar en Los Alpnes. Alcancé una cima después de unas buenas horas de caminata sobre dos metros de nieve, y desde ahí pensé en las eras de hielo del Pleistoceno y el movimiento de la biodiversidad a través del tiempo y el espacio. Después, casi sin notarlo, comencé a recapitular mis memorias sobre él. Empiezan con un nombre impreso en los artículos que impactaron mi carrera hasta el punto de que estoy haciendo filogeografía, y terminan con la risa que compartimos después de uno de sus chistes ácidos la última vez que hablamos.

Esa era la mejor parte, hablar con él. Tuve el enorme placer de conocerlo, de extender la discusión de un artículo a una conversación sobre ciencia y la vida solo por el gusto de hacerlo. Esos momentos siempre serán un tesoro de mis años en Inglaterra, primero porque es gracias a ellos que él se convirtió parte de mi familia académica, y segundo porque él era un personaje inglés por si mismo. La mayoría de las cosas que dijo se esfumaron de mi memoria antes de que regresáramos a la oficina después de un paseo por el lago de UEA, pero tal vez su perro Zeke las recuerda. Escribí algunas de sus expresiones, la mayoría en los márgenes de artículos impresos que no intenté conservar, pero ambién en mi cuaderno de notas. Leer estas frases en el tren de regreso de su funeral me hizo imaginar a Godfrey sentado junto a mí como si estuviéramos conversando. A continuación una pequeña muestra de sus palabras y el contexto donde las dijo.

Consejos al escribir ciencia:

Siempre puedes especular con tus amigos, y después ser precavido cuando publicas.

Se mortalmente precisa siempre que puedas.

Ten cuidado con usar las palabras "explicación alterna". Muchos artículos dicen que hay un conflicto donde no lo hay. Solo están tratando de vender.

Siempre distingue lo que sabemos [de los datos] de lo que pueden decirnos.

Consejos de la vida general:

Somos una ola de mar apunto de estrellarse en la playa.

La madre naturaleza es una perra.

Durante una plática sobre cómo intereses políticos y personales pueden meterse en la publicación de ciencia:

Son solo personas. Y algunas personas son dictadores y algunas son enfermeras. En ciencia también tenemos todo el gradiente.

Bullocks. Esa es una mala palabra inglesa, y la estoy usando.

Solo la historia sabrá, y mentirá.

Una vez que discutíamos un artículo con un método nuevo chido:

Si yo fuera joven estaría haciendo esto…. y mejor

Y para terminar una grande que dijo cuando terminó de revisar un borrador que le dí:

No te preocupes, vamos a tomar esto y transformarlo en inglés.

De regreso en las montañas, semanas antes de hoy, una pequeña avalancha en las rocas me distrajo de mis memorias. Yo estaba contemplando el paisaje alpino con aire frío en mi cara y un sol brillante en mi espalda. Estaba rodeada de dunas de nieve que se me figuraban eternas pero que sabía se irían en un par de meses.

Quizá Godfrey hizo trabajo de campo ahí. Le pregunté a las montañas pero no respondieron nada. Les dije que Godfrey se había ido, pero permanecieron en silencio. Entonces me quedé quieta, como cuando se termina un libro. Después pensé que era un final justo para una grandiosa historia, la clase de libro que te deja algo, que te hace ir por un paseo después de que pasas la última página, que vuelve a tu mente cuando estás contemplando un paisaje montano que bien pudiera ser el mundo entero. Porque así es como se siente su legado, inmenso y avasallador ante nuestros ojos humanos, incluso si no es mas que un parpadeo en el profundo tiempo de la Tierra y de la historia.

Hasta luego Godfrey, un gusto conocerte.