Video-bitácora de laboratorio: cómo grabarte pipeteando

(English below)

El cerebro de algunos funciona como una de esas High Fidelity Phusion DNA Polymerase que casi no comete errores (o que los corrige...) y pueden por eso alcanzar niveles zen de concentración cuando hacen trabajo de laboratorio. Mi cerebro no es así. Para mí pipetear gotitas casi invisibles de líquido en tubitos diminutos sin perder la cuenta de 96 espacios es una tarea de espanto. Con el paso de los años me he entrenado a hacerlo bien, tengo sistemas, como todos los que nos enfrascamos en este tipo de labor, que me permiten disminuir la posibilidad de cometer un error o detectarlo una vez hecho. Hip, hip, hurra y felicidades, ahora el número ocho en mi mente es lo mismo que "tres para terminar la columna". 

Mi organización funciona bien para la gran mayoría de las cosas, y cierto es que usar una pipeta multicanal o una electrónica facilita la existencia mucho. Pero de tanto en tanto es necesario hacer algo como transferir 6 ul de líquido de un tubo eppendorf the 1.5 ml a una posición específica dentro de una placa con la mezcla de la reacción ya preparada dentro. No tengo acceso a un robot para cumplir tal hazaña y no queda más que hacerlo a mano y encomendarse a la concentración. Un error aquí puede no ser fatídico para todo el experimento, pero sí hacer que un par de datos no tengan sentido al final y que nos asalte la duda de si los resultados que estamos viendo es un fenómeno biológico (una diferencia real) o producto de un error de pipeteo (mezclar dos muestras por error, por ejemplo).

La memoria es subjetiva e inútil en este tipo de situaciones, así que decidí hacer algo que más de una vez pensé que hubiera sido una buena idea: video grabar mi trabajo de laboratorio. Al menos ciertas reacciones importantes de cuyo pipeteo quiero poder estar tan segura como para poner las manos en el fuego y decir que tengo evidencia de que no fue un error de pipeteo.

Mi teléfono celular, como el de tantos, tiene una camarita que permite grabar buenos videos. Lo que no tiene es una tarjeta SD gigante para almacenar videos tan largos como mis horas de pipeteo en el laboratorio. Así que lo que hago es utilizarlo como webcam IP, de forma que lo que se ve con la cámara del teléfono se puede grabar directamente en mi computadora, y sin que esté conectado con un cable, solo utilizando el wireless. La idea está basada con cómo las cámaras de videovigilancia funcionan, hay muchos programas y formas de hacerlo, pero creo que el método que comparto aquí es sencillo, compatible Mac-Android y gratuito. Ahí me dicen si hay una mejor manera.

A continuación cómo hacerlo:

0) Encuentra uno de esos extraños objetos que todo laboratorio tiene y que normalmente no sierven para nada y ponlo en tu mesa de trabajo de modo que puedas sostener un objeto sobre el área que deseas grabar.



1) Baja la IP Webcam app en tu teléfono android (gratis). Inicia la app y checa las opciones (calidad de video, tamaño, etc). Ah, se puede también jugar con las opciones de seguridad, en caso de que te ponga paranóico que alguien espíe tu experimento secreto que te hará ganar el Nobel.

2) Selecciona "Start server". En la pantalla podrás ver lo que la cámara esté observando, así como una dirección IP escrita con letras blancas. Toma nota de esta dirección.

3) Pega-amarra tu teléfono (nótese la cinta adhesiva verde en la imagen de arriba) al ahora útil objeto sostenedor.

4) Si escribes la dirección IP  en tu navegador (funciona bien con Mozilla) puedes ver el servidor de tu celular-cámaraIP. Desde aquí puedes seleccionar diferentes programas (por ejemplo skype, y sí, esta es una manera de volver tu teléfono webcam, si tu compu no tiene). Pero lo que en realidad queremos es abrir esa dirección IP con un reproductor multimedia. Yo ocupo VLC porque es todopoderoso.

5) Abre VLC, ve a "File>Open network", luego escribe la dirección IP y agrega "/video" al final (sin las ""). VLC comenzará a mostrar lo que el celular-camara está viendo. Puedes guardar el "stream" si seleccionas "Streaming/saving" en la ventana de Open Network), pero esto no es un video.

6) Para grabar y salvar como un archivo de video, ve a "File>Streaming/Exporting Wizard" y selecciona "Transcode/Save to file".

7) En la lista de reproducción que aparece escoje el video stream (es decir la dirección IP).

8) Selecciona las opciones de transcoficiación. En el ejemplo del video ocupé MPEG-4 a 2048 bitrate, sin audio. Clic en next.

9) Selecciona el formato de encapsulación (yo ocupo OGG porque es gratuito, amigable con el mundo y libre de restricciones de copyright, pero los otros también funcionan). Clic en next.

10) Selecciona dónde y bajo que nombre guardar tu video. Selecciona "local playback" si quieres verlo al mismo tiempo que ocurre (pero esto hace trabajar a tu compu, así que no corras esos análisis traga-RAM al mismo tiempo). Clic en next.


11) Debes estar viendo un resumen de las opciones seleccionadas. Clic en "Finish" y listo. VLC comenzará a grabar lo que sea que tu celular (ahora webcam-IP!) esté viendo. Para dejar de grabar da clic en pause (en el reproductor VLC) y detén el servidor en tu teléfono ("stop server"). El video estará guardado donde sea que hayas decidido, lo puedes abrir con VLC, copiar a un USB, quemar a un CD para adjuntarlo a tu bitácora de laboratorio o subir a youtube para enseñarle a tu mamá y al mundo cuán exitante puede ser pipetear gotitas de líquido de un tubito a otro.

Listo.  Ojalá les sea útil este método, claro que siempre pueden simplemente tener mucho espacio en una cámara.

Más allá de la paz mental, creo que sería útil agregar videos a nuestras bitácoras de laboratorio como parte de la documentación de un experimento. Así permitimos se respaldan mejor nuestros datos y podemos mostrar que fue exactamente lo que hicimos a otros. Algunas revistas, como The Journal of Visualized Experiments (JoVE), incluso se especializan en esto.



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Video lab book. How to record yourself at pipetting. 

I'm too lazy to translate the whole introduction, but basically I decided to video record the labwork of some of my reactions, particularly those that have to be done tube by tube in that annoying way so prone to error. This way I can have a objective record to check if a weird result may be product of a pipeting mistake (e.g. pipeting two different samples in the same tube...) or not. It was also a fun thing to do with a weird black thing I found  in the lab.

You can just use your phone video recording but if you have a small SD card, as I do, you will struggle to save a long video, or you may just be lazy and want to skip having to copy the file to your computer. So here there is a small method to use your smart phone (Android) as a web camara to record directly to your computer. Actually it makes your phone an IP webcam, so it doesn't has to be plugged in to your computer, just connected to the wireless. This is based on how webcams surveillance work and there are many different methods and programs, but after googling a little I think this is the easiest, free and Android-Mac compatible. But let me know if I missed something easier. This works fine using an Android phone (HTC desire) and a MacBook Pro, but I suposse it should work more or less the same with other devices and OS.

Here is what you need to do:

0) Get one of those random pieces of chunck that everylab has and place it in your lab bench in a way that you can use it to hold objects above your workspace.




1) Get the IP Webcam app for your Android phone (free). Open it, check settings (like quality and desired video size). You can also play with the security settings if you want to be sure that no one is watching your Nobel winning secret experiment.

2) Select "Start server". You will see what the camara of the mobile is looking at as well as an IP in the screen. Make a note of the IP address.

3) Tape (green tape rules! see image above) your phone to the now useful piece of chunk.

4) If you go to this IP address in your browser (works fine with Mozilla) you wil see the android webcam server. There you can select use different apps to visualize the video (e.g. skype, so by the way, if you don't have a webcam but you do have a smartphone you can use this method to make a video call). But what we want to do is actually to open that IP address with a media player to see the video. I used VLC because its, well, VLC.

5) Start VLC, go to "File>Open network", then type the IP address that your phone told you and write "/video" at the end. VLC will start streaming what the webcamera is watching. You could directly save this stream (if selected Streaming/saving in the Open Network window), but this is not a video itself.

6) To record and save as a video file, go to "File>Streaming/Exporting Wizard" and select "Transcode/Save to file".

7) Choose the stream of the playlist (i.e. the IP address) and click on next.

8) Select the transcoding options. I used MPEG-4 video at 2048 bitrate without audio in the example below. Click on next.

9) Select an encapsulation format (I used OGG because this format is free, friendly and not subject to restrictions associated with copyright, but others work fine). Click next.

10) Select a directory and file name to save your video, also select "Local playback" if you want to see the video as it streams (but keep in mind this will make your computer work more, so don't let it running that RAM-eater analysis of yours at the same time). Click on next.

11) You should be watching a summary of the options you selected. Click on "Finish" and that's it. VLC will start recording whatever your mobile (now an IP webcamara) is looking at. Click on pause (on the VLC media player) to stop the recording and stop the server in your phone. Your video file will be wherever you decided to save it. You can open it with VLC, copy it to an USB or CD and attach it to your lab-book or load it to youtube to show your mom how exiting pipetting can be. 

That's it. Hope you find this method useful. Or you can just have a camara with enough free space.

Recording my work gives me some kind of mental peace, but more than just that, I think that adding this kind of records to our lab books could be another source of support to our data and also a good way to show others exactly what we did. Some journals, like the  The Journal of Visualized Experiments (JoVE), are even specialized exactly in that.

Godfrey Hewitt

(versión en español abajo, el original lo escribí en ingles, le toca ir primero)

Godfrey Hewitt, a dear friend and a brilliant mind devoted to evolutionary biology, passed away on the 18^th February 2013.

The day after Godfrey died I did not go to the lab. I went hiking somewhere in The Alps. I reach a summit after good hours of snow shoeing over two meters of snow, and from there I wondered on the Pleistocene Ice Ages and the movement of biodiversity in space and time.

Then, almost without noticing, I started to recall my memories of him. They start in a printed name on the papers that impacted my career to the extent that I am doing phylogeography, and they finish with the laugh we shared after one of his bitter jokes the last time we spoke.

That was the best part, chatting with him. I had the enormous pleasure of meeting him, of extending a journal club discussion into a conversation about science and life for the sake and joy of it. Those moments will always be one treasure of my years in England because it is thanks to them that he became part of my academic family, but also because he was an English-as-it-gets character.  Most of the things he said faded from my brain before we got back to the office after a walk around UEA’s lake, but maybe Zeke the dog remembers them all. I wrote down some of his expressions on the margins of printed papers that I not even tried to preserve, but I also wrote them down in my notebook. Going through them on the train back from his funeral made me visualize him once again as if we were chatting. Below but a sample of his words, and a little bit of context.

Advice on science writing:

You can always speculate with your friends and then be cautions when you publish.

Be dead accurate whenever you can.

Be careful with using the words “alternative explanation”. Many papers say that there is a conflict where there is not. They are just tying to sell it.

Always separate what  we know [from the data] from what it may tell us.

General life advice:

We are a sea-wave about to smash into the beach.

Mother nature is a bitch.

During a chat on how politics and personal interests can get into science publishing:

They are just people. And some people are dictators and some are nurses. We have the whole range in science too.

Bollocks. That’s a nasty English word, but I’m using it.

Only history will know, and it will lie.

Once we were discussing a paper with a cool new method:

If I were a young person I will be doing this… and better.

And to finish, a great one after he review a draft I gave him:

Don’t worry, were are going to take this and transform it into English.

Back in the mountains, weeks before today, a small avalanche in the rocks distracted me from my memories. I was contemplating the alpine landscape with cold air in my face and a bright sun in my back. I was surrounded by dunes of snow that seem eternal but that I knew would be gone in some months.

Maybe Godfrey did fieldwork there. I asked the mountains but they replied nothing. I told them that he was gone, but they remained silent. So I stood quiet, as when we finish a book. Then I thought that it was a fair end to a great story, the kind of book that leaves you something, that makes you go for a walk after you turn the last page, that pops into your head when you are contemplating a montane landscape that seems to be the entire world. Because that is how his legacy feels, immense and arresting to our human eyes, even if it is but a glimpse in the deep time of Earth and history.

Farewell Godfrey, it was great to meet you.

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Godfrey Hewitt, un querido amigo y una mente brillante que se dedicó a la biología evolutiva, falleció el 18 de Febrero del 2013.

El día después de la muerte de Godfrey no fui al laboratorio. Fui a caminar a algún lugar en Los Alpnes. Alcancé una cima después de unas buenas horas de caminata sobre dos metros de nieve, y desde ahí pensé en las eras de hielo del Pleistoceno y el movimiento de la biodiversidad a través del tiempo y el espacio. Después, casi sin notarlo, comencé a recapitular mis memorias sobre él. Empiezan con un nombre impreso en los artículos que impactaron mi carrera hasta el punto de que estoy haciendo filogeografía, y terminan con la risa que compartimos después de uno de sus chistes ácidos la última vez que hablamos.

Esa era la mejor parte, hablar con él. Tuve el enorme placer de conocerlo, de extender la discusión de un artículo a una conversación sobre ciencia y la vida solo por el gusto de hacerlo. Esos momentos siempre serán un tesoro de mis años en Inglaterra, primero porque es gracias a ellos que él se convirtió parte de mi familia académica, y segundo porque él era un personaje inglés por si mismo. La mayoría de las cosas que dijo se esfumaron de mi memoria antes de que regresáramos a la oficina después de un paseo por el lago de UEA, pero tal vez su perro Zeke las recuerda. Escribí algunas de sus expresiones, la mayoría en los márgenes de artículos impresos que no intenté conservar, pero ambién en mi cuaderno de notas. Leer estas frases en el tren de regreso de su funeral me hizo imaginar a Godfrey sentado junto a mí como si estuviéramos conversando. A continuación una pequeña muestra de sus palabras y el contexto donde las dijo.

Consejos al escribir ciencia:

Siempre puedes especular con tus amigos, y después ser precavido cuando publicas.

Se mortalmente precisa siempre que puedas.

Ten cuidado con usar las palabras "explicación alterna". Muchos artículos dicen que hay un conflicto donde no lo hay. Solo están tratando de vender.

Siempre distingue lo que sabemos [de los datos] de lo que pueden decirnos.

Consejos de la vida general:

Somos una ola de mar apunto de estrellarse en la playa.

La madre naturaleza es una perra.

Durante una plática sobre cómo intereses políticos y personales pueden meterse en la publicación de ciencia:

Son solo personas. Y algunas personas son dictadores y algunas son enfermeras. En ciencia también tenemos todo el gradiente.

Bullocks. Esa es una mala palabra inglesa, y la estoy usando.

Solo la historia sabrá, y mentirá.

Una vez que discutíamos un artículo con un método nuevo chido:

Si yo fuera joven estaría haciendo esto…. y mejor

Y para terminar una grande que dijo cuando terminó de revisar un borrador que le dí:

No te preocupes, vamos a tomar esto y transformarlo en inglés.

De regreso en las montañas, semanas antes de hoy, una pequeña avalancha en las rocas me distrajo de mis memorias. Yo estaba contemplando el paisaje alpino con aire frío en mi cara y un sol brillante en mi espalda. Estaba rodeada de dunas de nieve que se me figuraban eternas pero que sabía se irían en un par de meses.

Quizá Godfrey hizo trabajo de campo ahí. Le pregunté a las montañas pero no respondieron nada. Les dije que Godfrey se había ido, pero permanecieron en silencio. Entonces me quedé quieta, como cuando se termina un libro. Después pensé que era un final justo para una grandiosa historia, la clase de libro que te deja algo, que te hace ir por un paseo después de que pasas la última página, que vuelve a tu mente cuando estás contemplando un paisaje montano que bien pudiera ser el mundo entero. Porque así es como se siente su legado, inmenso y avasallador ante nuestros ojos humanos, incluso si no es mas que un parpadeo en el profundo tiempo de la Tierra y de la historia.

Hasta luego Godfrey, un gusto conocerte.    

De los volcanes al laboratorio de biología molecular

Hago trampa de nuevo. Escribí una entrada en el blog de Más Ciencia por México, se titula De los volcanes al laboratorio de biología molecular y habla acerca de cómo utilizo métodoss de secuenciación de nueva generación, dígase RAD-tags, como una herramienta para responder preguntas evolutivas sobre la biodiversidad en los volcanes mexicanos.

Sí, un autocomercial de lo más tramposo. Lo admito con buen ánimo porque va sin fines de lucro y porque el pobre texto cae en algún lugar entre la divulgación de la ciencia y la reflexión personal, así que bien podría haber sido parte de este blog.

Dicho y hecho ahí queda el link para quienes tengan un rato. Las fotos son lindas, lo garantizo.  Aquí les dejo una que no incluí en la otra entrada: