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lunes, 6 de mayo de 2013

Video-bitácora de laboratorio: cómo grabarte pipeteando


(English below)

El cerebro de algunos funciona como una de esas High Fidelity Phusion DNA Polymerase que casi no comete errores (o que los corrige...) y pueden por eso alcanzar niveles zen de concentración cuando hacen trabajo de laboratorio. Mi cerebro no es así. Para mí pipetear gotitas casi invisibles de líquido en tubitos diminutos sin perder la cuenta de 96 espacios es una tarea de espanto. Con el paso de los años me he entrenado a hacerlo bien, tengo sistemas, como todos los que nos enfrascamos en este tipo de labor, que me permiten disminuir la posibilidad de cometer un error o detectarlo una vez hecho. Hip, hip, hurra y felicidades, ahora el número ocho en mi mente es lo mismo que "tres para terminar la columna". 

Mi organización funciona bien para la gran mayoría de las cosas, y cierto es que usar una pipeta multicanal o una electrónica facilita la existencia mucho. Pero de tanto en tanto es necesario hacer algo como transferir 6 ul de líquido de un tubo eppendorf the 1.5 ml a una posición específica dentro de una placa con la mezcla de la reacción ya preparada dentro. No tengo acceso a un robot para cumplir tal hazaña y no queda más que hacerlo a mano y encomendarse a la concentración. Un error aquí puede no ser fatídico para todo el experimento, pero sí hacer que un par de datos no tengan sentido al final y que nos asalte la duda de si los resultados que estamos viendo es un fenómeno biológico (una diferencia real) o producto de un error de pipeteo (mezclar dos muestras por error, por ejemplo).

La memoria es subjetiva e inútil en este tipo de situaciones, así que decidí hacer algo que más de una vez pensé que hubiera sido una buena idea: video grabar mi trabajo de laboratorio. Al menos ciertas reacciones importantes de cuyo pipeteo quiero poder estar tan segura como para poner las manos en el fuego y decir que tengo evidencia de que no fue un error de pipeteo.

Mi teléfono celular, como el de tantos, tiene una camarita que permite grabar buenos videos. Lo que no tiene es una tarjeta SD gigante para almacenar videos tan largos como mis horas de pipeteo en el laboratorio. Así que lo que hago es utilizarlo como webcam IP, de forma que lo que se ve con la cámara del teléfono se puede grabar directamente en mi computadora, y sin que esté conectado con un cable, solo utilizando el wireless. La idea está basada con cómo las cámaras de videovigilancia funcionan, hay muchos programas y formas de hacerlo, pero creo que el método que comparto aquí es sencillo, compatible Mac-Android y gratuito. Ahí me dicen si hay una mejor manera.

A continuación cómo hacerlo:

0) Encuentra uno de esos extraños objetos que todo laboratorio tiene y que normalmente no sierven para nada y ponlo en tu mesa de trabajo de modo que puedas sostener un objeto sobre el área que deseas grabar.



1) Baja la IP Webcam app en tu teléfono android (gratis). Inicia la app y checa las opciones (calidad de video, tamaño, etc). Ah, se puede también jugar con las opciones de seguridad, en caso de que te ponga paranóico que alguien espíe tu experimento secreto que te hará ganar el Nobel.

2) Selecciona "Start server". En la pantalla podrás ver lo que la cámara esté observando, así como una dirección IP escrita con letras blancas. Toma nota de esta dirección.

3) Pega-amarra tu teléfono (nótese la cinta adhesiva verde en la imagen de arriba) al ahora útil objeto sostenedor.

4) Si escribes la dirección IP  en tu navegador (funciona bien con Mozilla) puedes ver el servidor de tu celular-cámaraIP. Desde aquí puedes seleccionar diferentes programas (por ejemplo skype, y sí, esta es una manera de volver tu teléfono webcam, si tu compu no tiene). Pero lo que en realidad queremos es abrir esa dirección IP con un reproductor multimedia. Yo ocupo VLC porque es todopoderoso.

5) Abre VLC, ve a "File>Open network", luego escribe la dirección IP y agrega "/video" al final (sin las ""). VLC comenzará a mostrar lo que el celular-camara está viendo. Puedes guardar el "stream" si seleccionas "Streaming/saving" en la ventana de Open Network), pero esto no es un video.

6) Para grabar y salvar como un archivo de video, ve a "File>Streaming/Exporting Wizard" y selecciona "Transcode/Save to file".

7) En la lista de reproducción que aparece escoje el video stream (es decir la dirección IP).

8) Selecciona las opciones de transcoficiación. En el ejemplo del video ocupé MPEG-4 a 2048 bitrate, sin audio. Clic en next.

9) Selecciona el formato de encapsulación (yo ocupo OGG porque es gratuito, amigable con el mundo y libre de restricciones de copyright, pero los otros también funcionan). Clic en next.

10) Selecciona dónde y bajo que nombre guardar tu video. Selecciona "local playback" si quieres verlo al mismo tiempo que ocurre (pero esto hace trabajar a tu compu, así que no corras esos análisis traga-RAM al mismo tiempo). Clic en next.


11) Debes estar viendo un resumen de las opciones seleccionadas. Clic en "Finish" y listo. VLC comenzará a grabar lo que sea que tu celular (ahora webcam-IP!) esté viendo. Para dejar de grabar da clic en pause (en el reproductor VLC) y detén el servidor en tu teléfono ("stop server"). El video estará guardado donde sea que hayas decidido, lo puedes abrir con VLC, copiar a un USB, quemar a un CD para adjuntarlo a tu bitácora de laboratorio o subir a youtube para enseñarle a tu mamá y al mundo cuán exitante puede ser pipetear gotitas de líquido de un tubito a otro.

video

Listo.  Ojalá les sea útil este método, claro que siempre pueden simplemente tener mucho espacio en una cámara.

Más allá de la paz mental, creo que sería útil agregar videos a nuestras bitácoras de laboratorio como parte de la documentación de un experimento. Así permitimos se respaldan mejor nuestros datos y podemos mostrar que fue exactamente lo que hicimos a otros. Algunas revistas, como The Journal of Visualized Experiments (JoVE), incluso se especializan en esto.



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Video lab book. How to record yourself at pipetting. 

I'm too lazy to translate the whole introduction, but basically I decided to video record the labwork of some of my reactions, particularly those that have to be done tube by tube in that annoying way so prone to error. This way I can have a objective record to check if a weird result may be product of a pipeting mistake (e.g. pipeting two different samples in the same tube...) or not. It was also a fun thing to do with a weird black thing I found  in the lab.

You can just use your phone video recording but if you have a small SD card, as I do, you will struggle to save a long video, or you may just be lazy and want to skip having to copy the file to your computer. So here there is a small method to use your smart phone (Android) as a web camara to record directly to your computer. Actually it makes your phone an IP webcam, so it doesn't has to be plugged in to your computer, just connected to the wireless. This is based on how webcams surveillance work and there are many different methods and programs, but after googling a little I think this is the easiest, free and Android-Mac compatible. But let me know if I missed something easier. This works fine using an Android phone (HTC desire) and a MacBook Pro, but I suposse it should work more or less the same with other devices and OS.

Here is what you need to do:

0) Get one of those random pieces of chunck that everylab has and place it in your lab bench in a way that you can use it to hold objects above your workspace.




1) Get the IP Webcam app for your Android phone (free). Open it, check settings (like quality and desired video size). You can also play with the security settings if you want to be sure that no one is watching your Nobel winning secret experiment.

2) Select "Start server". You will see what the camara of the mobile is looking at as well as an IP in the screen. Make a note of the IP address.

3) Tape (green tape rules! see image above) your phone to the now useful piece of chunk.

4) If you go to this IP address in your browser (works fine with Mozilla) you wil see the android webcam server. There you can select use different apps to visualize the video (e.g. skype, so by the way, if you don't have a webcam but you do have a smartphone you can use this method to make a video call). But what we want to do is actually to open that IP address with a media player to see the video. I used VLC because its, well, VLC.

5) Start VLC, go to "File>Open network", then type the IP address that your phone told you and write "/video" at the end. VLC will start streaming what the webcamera is watching. You could directly save this stream (if selected Streaming/saving in the Open Network window), but this is not a video itself.

6) To record and save as a video file, go to "File>Streaming/Exporting Wizard" and select "Transcode/Save to file".

7) Choose the stream of the playlist (i.e. the IP address) and click on next.

8) Select the transcoding options. I used MPEG-4 video at 2048 bitrate without audio in the example below. Click on next.

9) Select an encapsulation format (I used OGG because this format is free, friendly and not subject to restrictions associated with copyright, but others work fine). Click next.

10) Select a directory and file name to save your video, also select "Local playback" if you want to see the video as it streams (but keep in mind this will make your computer work more, so don't let it running that RAM-eater analysis of yours at the same time). Click on next.

11) You should be watching a summary of the options you selected. Click on "Finish" and that's it. VLC will start recording whatever your mobile (now an IP webcamara) is looking at. Click on pause (on the VLC media player) to stop the recording and stop the server in your phone. Your video file will be wherever you decided to save it. You can open it with VLC, copy it to an USB or CD and attach it to your lab-book or load it to youtube to show your mom how exiting pipetting can be. 


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That's it. Hope you find this method useful. Or you can just have a camara with enough free space.

Recording my work gives me some kind of mental peace, but more than just that, I think that adding this kind of records to our lab books could be another source of support to our data and also a good way to show others exactly what we did. Some journals, like the  The Journal of Visualized Experiments (JoVE), are even specialized exactly in that.

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